Второй жесткий диск был подсоединен к первому IDE-порту. CD-ROM-дисковод находится на втором. Слышно, что новый диск работает, однако компьютер его не распознает.

Прежде всего проверьте правильность подсоединения кабеля данных. Возможно, что разъем установлен неправильно. Обычно это можно увидеть по непрерывному свечению индикатора дисковода. Красная жила должна находиться со стороны PIN1. Если соединение в порядке, то, возможно, неправильно установлен джампер. Первый диск (дисковод C:) должен быть инсталлирован как Master, а второй как Slave. Вероятно, новый диск тоже установлен как Master.

После установки в ПК второго жесткого диска оба диска со временем работают все медленнее, а после часа работы один диск вообще останавливается.

Просто оба диска сильно нагрелись. Не только процессор, но и жесткие диски чувствительны к перегреву. Для новой калибровки дискам требуется много времени. Как только температура становится настолько высокой, что никакая калибровка невозможна, диск выходит из строя. Поэтому следует предоставить дискам больше места или купить второй вентилятор.

При проверке жесткого диска с помощью утилиты ScanDisk снова и снова обнаруживаются потерянные фрагменты файлов, занимающие место на жестком диске. Откуда они появляются, и означает ли это, что поврежден жесткий диск?

Нет, жесткий диск не поврежден. Но в процессе записи возникают помехи и отдельные файлы записываются не полностью. Это происходит, например, тогда, когда компьютер зависает или выключается во время записи. В результате возникают сбойные участки, которые не связаны ни с одним файлом.