При закрытии окна Internet Explorer запоминает его положение и размеры. Для их изменения надо перетащить окно в нужное место экрана, изменить его размеры и закрыть его.
Если это не поможет, запустите редактор системного реестра regedit.exe, перейдите к ветви HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main. В самом низу списка ее ключей найдите Window_ Placement. Щелкните на нем правой кнопкой мыши и в появившемся меню выберите пункт Удалить. При очередном запуске окно браузера откроется в таком положении и с такими размерами, как это заложено по умолчанию.